FLAC-Tags sind anders aufgebaut als ID3v2, das ist richtig. Sie bieten jedoch die gleichen Möglichkeiten: beliebige Feldnamen und Inhalte, mehrfache Werte (z.B. Genres), Unicode, Cover anhängen, ReplayGain; alles kein Problem. Anwender können Tags mit geeigneter Software bearbeiten, ohne darauf zu achten zu müssen, in welchem Format die ausgewählten Dateien gerade vorliegen.
Es gibt durchaus manchmal Reibungspunkte zwischen verschiedenen Programmen, sie sind bei FLAC jedoch wesentlich seltener, da die Spezifikation gegenüber ID3v2 deutlich einfacher umzusetzen ist. Die strukturellen Details, etwa welche Felder vordefiniert sind, sind dabei eigentlich nur für Softwareentwickler relevant.
EAC bietet mit der Option "Add ID3 tag" in den Kompressionseinstellungen die Möglichkeit an, ID3-Tags an beliebige erzeugte Dateien zu hängen. Davon sollte bei FLAC jedoch abgesehen werden, da ID3-Tags dort nichts zu suchen haben. Stattdessen werden die Angaben per Kommandozeile (-T "Artist=%artist%" usw.) dem Encoder übergeben, der die Tags daraufhin im richtigen Format schreibt.
Einziges Manko bei dieser Vorgehensweise ist leider, du hast japanische Schriftzeichen angesprochen, die mangelnde Unicode-Unterstützung in EAC. Seit Version 1.0 zwar prinzipiell handhabbar, die Oberfläche zeigt die Zeichen richtig an, werden entsprechende Titelangaben mit Stand von Beta 3 nicht korrekt als Parameter übergeben: sie enden als Fragezeichen ("?????") im Tag.
Im Vorteil sind hier CD-Ripper, die eigene Tagging-Routinen für alle Formate mitbringen, etwa foobar2000. EAC kann dies bisher nur für MP3 mit ID3v2, bei anderen Formaten müsste mit geeigneten Programmen nachbearbeitet, oder wie gesagt gänzlich auf Alternativen ausgewichen werden.