Dazu dienen die Schaltflächen unten in der Statusleiste. Nach einem Klick auf Neu können die Kompressionseinstellungen unter einem eigenen Profilnamen gespeichert und anschließend über das Auswahlfeld gewechselt werden (Screenshot).
MP3s kannst du jedoch genauso gut aus den FLAC-Dateien erzeugen, anstatt dein Laufwerk doppelt zu belasten. Am besten erst dann, wenn sie tatsächlich benötigt werden, z.B. beim Streaming oder zur Übertragung auf andere Speichermedien oder Geräte. Von Archiven in mehreren Formaten rate ich ab, da der Folgeaufwand meist nicht mitbedacht wird, etwa die Synchronisierung von Tags.
Es gab mit MAREO auch mal ein Kommandozeilenprogramm, das in EAC eingebunden werden und mehrere andere Encoder ausführen konnte. Letzte mir dazu bekannte Wasserstandsmeldung ist jedoch, dass es mit aktuellen Versionen nicht mehr kompatibel ist bzw. nur umständlich zum Laufen zu bewegen ist.