Nun, das rührt daher, dass es einfach zwei voneinander getrennte Vorgänge sind: Rippen und Encodieren.
Zunächst liest der verwendete CD-Ripper die Daten von der Audio-CD und speichert sie auf der Festplatte oder im Arbeitsspeicher. Bei diesem Vorgang können, wie in der Einleitung zur EAC-Anleitung beschrieben, Fehler auftreten. Das Laufwerk kann einfach nicht garantieren, dass es die richtigen Daten ausgelesen hat, das ist insbesondere bei zerkratzten CDs problematisch.
Anschließend werden diese ausgelesenen Daten vom FLAC-Encoder komprimiert. Dies geschieht verlustfrei, das heißt du kannst die Audiodaten, die der FLAC-Encoder als Eingabe erhält, aus der erzeugten FLAC-Datei komplett wiederherstellen. Es ist aber eben nicht garantiert, dass die ausgelesenen Daten überhaupt mit dem Inhalt der CD übereinstimmten. Davon kann der FLAC-Encoder natürlich nichts wissen.
Daher muss der CD-Ripper eine Fehlerkontrolle vornehmen, was durch mehrfaches Auslesen und Vergleichen realisiert wird. Das kann per Secure Mode erfolgen, oder auch durch Vergleichen mit den Ergebnissen anderer Besitzer dieser CD (AccurateRip). Einige Programme verfügen über solche Funktionen, andere eben nicht oder nur zum Teil. Die Summe aus beiden Vorgängen ist also nur dann verlustfrei, wenn der CD-Ripper eine fehlerfreie Kopie sicherstellt.
Die Probleme von CDex haben wir in einem weiteren Artikel erklärt, ich bin mir aber nicht sicher, ob die dort genannten Punkte noch zutreffen.